عنوان خبرلیست پروژه های دراگ دیسکاوری - دعوت از علاقمندان
(شاخه: نکات کلیدی امور پژوهشی)
ارسال شده توسط P. Jabbarzadeh
چهارشنبه 28 آبان 1393 - 11:51:32

با فراگیری و انجام یک یا دو پروژه مشترک، تکنیک ها و روش هایی را یاد میگیرید که بدون صرف هزینه های هنگفت آزمایشگاهی، بتوانید مسیر تولید زنجیره ای مقالات را خود برای خود راه اندازی کنید. هیچ درس رسمی دانشگاهی ای برای فراگیری این روش ها و اینکه یک پروژه دراگ دیسکاوری چگونه طراحی می شود، وجود ندارد، و هزینه شرکت در کارگاه های آموزشی دو یا سه روزه هم بسیار هنگفت است.

انجام پروژه های دراگ دیسکاوری ابتکار پایگاه زیست شناسی ایران است که ضمن ایجاد تعامل با دانشجویان و محققین داخل ایران، امکان این را فراهم میکند که بدون اینکه پروژه های آزمایشگاهی با هزینه هنگفت را انجام دهید، بتوانید با انجام پروژه های شبیه سازی عملکرد دارویی، تحقیقاتی با اهمیت بین المللی را انجام دهید، و نتیجه کار خود را در کنفرانس ها و ژورنال های بین المللی عرضه کنید.

برای آشنایی با نحوه فعالیت های پژوهشی پیشنهاد می شود این مطلب و این مطلب را مطالعه کنید.


لذا علاقمند به این پروژه ها می توانند جهت انجام کار اعلام آمادگی کنند و بین 2 تا 7 ماه پروژه ای را انجام می دهند. این لیست در اینده تغییر می کند زیرا هر پروژه تنها برای 5 نفر تعیین شده است. پروژه هایی نیز که دانشجویان خود تمایل دارند پیشنهاد دهند، میتوانند ارسال کرده و بر روی پروژه های پیشنهادی خود کار کنند.

داوطلبین هزینه ای را بابت آموزش، مشاوره و معرفی و نصب نرم افزارهای لازم پرداخت می کنند. این دوستان پس از اینکه یک یا دو پروژه را با اینجانب کار کردند، خود می توانند به توانایی برسند که مستقل پروژه هایی را تعریف کرده و بدون نیاز اینجانب کار کنند و مقالاتش را منتشر کنند.




پروژه های پژوهشی فعلی:

مدل سازی مولکولی و نقش کورکومین و مشتقات آن در بهبود وضعیت مقاومت دارویی در سلول های سرطانی
--> (تکمیل - در حال برگزاری)


چکیده: برهمکنش تعداد 1814 لیگاند که مشتق یا آنالوگ کورکومین هستند بصورت جداگانه بر روی حداقل پنج تارگت مولکولی از گروه ABC ترانسپورترها آنالیز و شبیه سازی می شود. ناقلین ABC در سلول های سرطانی سبب خروج دارو به خارج سلول می شوند که این امر مقاومت دارویی را ایجاد می کند. در این طرح بهترین ترکیبهایی که قادرند به جایگاه فعال این ترانسپورترها (متصل شونده به ATP) وصل شوند و مانع عملکرد آنها گردند، بصورت in silico مطالعه می گردد. نتایج این پیشبینی انفورماتیکی می تواند برای مطالعات بیشتر بصورت in vivo و in vitro بکار گرفته شود. همچنین فارماکو کینتیک و فارماکو داینامیک داروها نیز پیشبینی شده که اینگونه پیشبینی ها مطالعات آزمایشگاهی را آسان تر، سریع تر و کم هزینه تر می کند.

مدل سازی مولکولی کورکومین و مشتقات آن بعنوان مهار کننده متاستاز (EMT) در سرطان پستان
--> (تکمیل - آماده برگزاری)


مدل سازی کورکومین و مشتقات آن به عنوان مهار کننده تیروزین کینازی در سرطان پستان - مدت پروژه: 7 ماه
--> (آماده برگزاری - نیازمند ثبت نام یک نفر برای تکمیل بهمراه تخفیف)


مدل سازی مولکولی کورکومین و مشتقات آن بعنوان مهار کننده mTOR در سرطان پستان - مدت پروژه: 2 ماه
--> (در حال ثبت نام)


مدل سازی مولکولی کورکومین و مشتقات آن بعنوان مهار کننده مسیر پیام رسانی PI3K در سرطان پستان - مدت پروژه: 7 ماه
--> (در حال ثبت نام)


مدل سازی مولکولی کپسانتین بعنوان آنتاگونیست گیرنده های تیروزین کینازی در سرطان پستان - مدت پروژه: 2 ماه


پروژه های 7 ماهه:

محیط: In-Silico
هزینه برای یک نفر: یک میلیون و پانصد هزار تومان
هرینه برای گروه 5 نفری: پنج میلیون تومان


پروژه های 2 ماهه:

محیط: In-Silico
هزینه برای یک نفر: نهصد هزار تومان
هرینه برای گروه 5 نفری: چهار میلیون تومان


لطفا توجه فرمایید که ظرفیت و شرط شروع یک پروژه ثبت نام پنج نفر است. ترجیحا چنانچه 5 نفر از یک دانشگاه باشند گروه بهتری خواهد بود زیرا می توانند با یک دیگر تعامل کنند و ضمن انجام یک کار گروهی مقالات بهتری نیز با همکاری هم منتشر کنند. به این دوستان که بصورت گروهی ثبت نام کنند حدود 30 درصد تخفیف داده می شود.


مزایای پروژه های ارائه شده:

1- آشنایی و آموزش نرم افزارها و روش های آنالیز دراگ دیسکاوری
2- نصب و معرفی نرم افزار ها که بعدا نیز بار ها قابل استفاده خواهند بود.
3- انتشار مقاله یا خلاصه مقاله در ژورنال ها و همایش های بین المللی
4- تقویت سی وی
5- محققینی که در این پروژه ها شرکت کنند بصورت رایگان در مورد نحوه نوشتن سی وی، درخواست پذیرش و غیره نیز راهنمایی می شوند.
6- کلیه هزینه های مقاله نویسی برای این دوستان با سی درصد تخفیف عرضه می شود.
7- با این روشها بدون اینکه میلیون ها تومان هزینه مواد آزمایشگاهی بدهید، می توانید رزومه خیلی قوی تری را بسازید.



پی نوشت:

دوستان روال بدین صورت است که شما یک سری جلسات آموزشی آنلاین خواهید داشت که در این جلسات شما اطلاعات تئوری و یا آموزش عملی که لازم باشد فرا میگیرید. طی این جلسات تکالیفی از شما خواسته می شود که باید آماده کنید و مرحله به مرحله کار را انجام دهید و گزارش بدهید. هدف من این است که افرادی آموزش یابند که بعدا بتوانند این راه را ادامه دهند. لذا باید عمیق تر کار شود و شما حداقل مثل یک واحد درسی 2 واحدی یا 4 واحدی در طول یک ترم کار میکنید. لذا با یک کارگاه معمولی تفاوت دارد.

لذا خواهش من این است که آمادگی داشته باشید حداقل روزی دو ساعت بر روی تکالیف خود یا مطالعات مربوط به دراگ دیسکاوری زمان بگذارید. اگر هم هر روز وقت ندارید (مثلا درگیر دانشگاه یا پروژه ها و دروس دیگر خود هستید)، حداقل یک یا دو روز را به این کار فقط اختصاص دهید.


موضوعات مورد توجه در این طرح:

• Introduction of Drug Discovery & Designing
• Science involved in disease target identification
• Virtual screening

علاوه بر مبانی اولیه فوق، عناوین زیر بصورت عملی و تئوری تمرین خواهند شد


• In-silico generation of ligands by ChemSketch
• Conversion of Mol files to Pdb files by Open Babel
• Protein optimization & Energy Minimization by SPDV
• Molecular Docking by MGL Tools
• Creation of Grid Parameter & Dock Parameter files by AutoDock Software
• Running the Docking Algorithm by Cygwin
• Selection of potent inhibitors on the basis of binding energies and Lipinski's Rule of 5
• Look for H-bond Between ligand and active site of the residue of protein by UCSF Chimera
• Prediction of Molecular Properties
• Prediction of Bioactivity
• Drug Likeness
• Bioavailability & ADME
• Toxicity
• Solve queries and Doubts


برای اعلام آمادگی و ثبت نام، و هر گونه سوال می توانید به نشانی زیر ایمیل ارسال کنید: pjabbarzadeh@gmail.com





این خبر از طرف پایگاه زیست شناسی ایران ::: پورتال جامع آموزشی و پژوهشی
( http://www.iranbiology.ir/news/news.php?extend.344 )


زمان بازسازي صفحه :0.1762 ثانيه, 0.0563 براي هر جستجو .